基因和遗传对细胞功能、个体表型进展进犯的作用。除此除外澳门六合彩在线，非遗传身分也有助于很多细胞功能、性状及表型。康拉德·哈尔·沃丁顿是最早坚定到这一观念的东说念主之一，并在1942年提议了“epigenetics”一词，也即是咱们当今所说的表不雅遗传学。
时于当天，表不雅遗传学主如果辩论基因抒发中可逆的、可遗传的变化，这种变化不触及潜在的DNA序列的变化，即表型的变化而不编削基因型。在哺乳动物中，表不雅遗传调控在很多不同的生物学过程中都是至关进犯的，比如发育、细胞分化和增殖。全面了解调控麇集和表不雅遗传机制，仍然是一个蜿蜒的科学方针，对东说念主类健康具有普通的影响。
跟着二代测序工夫的收敛发展，将NGS与表不雅遗传学已建立的工夫步伐相勾搭，使得表不雅遗传学也得到了突飞大进的发展，一些更纯属的DNA甲基化、染色质分析和抒发分析工夫平台一经得到了普通的辩论。今天咱们就来先容盛大表不雅遗传学工夫中的一种——ATAC-Seq工夫。
ATAC-Seq的由来
ATAC-Seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing，汉文译为染色体可及性测序。是诳骗Tn5转座酶切割染色质的开放区域并标志DNA序列，勾搭二代测序来得回相应基因的信息。
最早是由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang在2013年发表在Nat Methods杂志上（Transposition of native chromatin for multimodal regulatory analysis and personal epigenomics），辩论者其时使用ATAC-seq来识别开放染色质区域，识别调控区域中的核小体勾搭和核小体不勾搭的位置。
ug环球官网为什么要作念ATAC-Seq？
看到上头的信息，咱们不禁产生一个疑问，即是为什么要辩论染色质的开放区域？咱们知说念真核生物的遗传物资是染色体，染色体的基本结构单元是核小体，闲居情况下染色体是螺旋缠绕在一皆的，DNA的步履就会受到摒弃。
如果DNA念念复制大概转录就需要先把螺旋怒放，这么关联的酶才调勾搭到DNA上头进展各自的功能。而螺旋怒放的这一部分就被称为开放的染色质，这一部分不错让各式调控因子等勾搭上去，是以称为染色质的可及性。辩论这一部分咱们就不错知说念发生转录的DNA区域，是以具有进犯的酷爱。
ATAC-Seq的旨趣
网球明星细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有普通应用，借助二聚体Tn5专有的“标志”功能，不错切割双链DNA并将得到的DNA终局邻接到特定的接头上。ATAC-Seq亦然诳骗Tn5转座酶工夫，转座酶不错勾搭到染色质的开放区域并进行切割打断，而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA麇集在一皆进行文库构建、测序就不错得到开放染色质的信息。
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ATAC-Seq的经由
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ATAC-Seq的上风
在ATAC-Seq工夫被开采出来昔时，有几种常用的辩论开放染色质的步伐，比如MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq等。但这些工夫有彰着的不及之处，比如需要的细胞数目尽头大，实际过程繁琐，且测序得到的数据遮盖限度相对ATAC-Seq要少等。是以其后才研发了新工夫-ATAC-Seq。比较来讲，ATAC-Seq肇端的细胞量低，耗时短，何况得回的开放区限度比较大。
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ATAC-Seq的应用及科罚的问题
从被研发出来，该工夫就飞速得到了普通的应用。在Pumed上使用ATAC-Seq算作蜿蜒词进行检索，得到的服从脱落5600篇。ATAC-Seq工夫自己也会跟着其它工夫的收敛发展而得到新的应用，比如将单细胞测序工夫与其相勾搭的scATAC-Seq，是ATAC-Seq现阶段一个新的进展。
皇冠体育信用使用ATAC-Seq工夫咱们不错科罚多种问题，如要紧疾病发病机制辩论；寻找疾病的染色质开放区域各别；辩论转录因子勾搭调控的各别；识别发育过程中的新式增强子；进行核小体定位等。
另外，皇冠官网该工夫还不错与其它工夫长入使用，比如与ChIP-seq相勾搭，使用后者来考证通过ATAC-Seq估计得到的转录因子潜在勾搭区域。又大概不错与转录组测序相勾搭，将各别抒发基因与Peak服从相勾搭，稽查转录本的对应抒发情况、辩论上游调控序列情况，这些都是现时辩论的一些热点课题。
案例领路
辩论题目：Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis（东说念主类发育过程中造血功能的scRNA-seq和ATAC-seq数据整合分析）
发表杂志实时候：Cell Stem Cell. 2021 Mar 4; 28(3): 472-487.e7.
最权威十大博彩公司辩论配景：在东说念主类发展过程中，造血功能的洽商仍不解确。何况有辩论发现造血祖细胞群在转录水平上是异质的。造血干细胞的驱动不仅发生在转录水平上，何况也发生在表不雅遗传水平上。
辩论本体：通过单细胞转录组测序及单细胞ATAC-Seq测序对来自胎儿（17-22 pcw）肝脏和骨髓的8000多个东说念主类免疫表型血细胞进行测序，以详情血液分化过程中的转录和表不雅遗传变化。
辩论决议：
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辩论服从：
皇冠客服飞机：@seo3687该辩论提供了来自肝脏和骨髓的胚胎HSPCs的高区别率转录和染色质可及性图谱，具体服从如下。
1、单细胞分析泄露，在统共免疫表型详情的干细胞和祖细胞群体中存在显赫的转录异质性，一些表型祖细胞群体（如造血干细胞）由脱落10个不同的转录界说群体构成。
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2、东说念主类胚胎Lin- CD34 CD38-细胞的sc ATAC-Seq测序，共得到7个不同的可彰着分离的集群。与干细胞关联的标志基因（如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2）的可及性较高，而与不同谱系关联的基因的可及性较低。在标志基因的合座可达性方面，簇彰着分离。谱系特异性造血TF基序的可及性的动态变化与sc RNA-Seq服从一致。
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3、基于基因体可及性绘图细胞图谱来整合scRNA-Seq和scATAC- seq数据，服从发现scATAC-seq数据集的细胞类型频率与scRNA -seq数据集的细胞类型频率高度一致，这标明染色质可及性和转录组具有关联性。进一步探索分化过程中染色质可及性和基因抒发之间的“时滞”，服从泄露HSCs/MPP中染色质的可及性早于转录变化。
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参考文件
Transposition of native chromatin for multimodal regulatory analysis and personal epigenomics.
Chromatin accessibility: a window into the genome.
Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis.澳门六合彩在线
Transposition of native chromatin for multimodal regulatory analysis and personal epigenomics.
Chromatin accessibility: a window into the genome.
Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis.
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